به‌منظور سامان‌دهی، گسترش و تقویت فعالیت‌های پژوهشی و هم‌چنین برنامه‌ریزی بلندمدت در جهت تغییر و تحول امور پژوهشی پژوهشگاه نیرو، معاونت پژوهشی ایجاد گردیده است. معاونت پژوهشی به همراه معاونت‌های دیگر، دومین سطح سازمانی در پژوهشگاه است. این معاونت که متولی امر تحقیق و پژوهش است، برای سازمان‌دهی تحقیقات و پژوهش‌های علمی و کاربردی و پاسخ به بسته‌های موردنیاز در توسعه فنّاوری تشکیل شده است. معاون پژوهشی از اعضای هیئت علمی تمام‌وقت پژوهشگاه و یا یکی از دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزش عالی کشور است که وظایف ایشان به شرح زیر است:
- پیشنهاد سیاست‌ها، برنامه‌ها و سرفصل‌های پژوهشی صنعت برق کشور؛
- راهبری و نظارت بر فرآیند تدوین و پیشنهاد برنامه‌ها و طرح‌های پژوهشی مورد نیاز صنعت برق کشور بر مبنای سند چشم‌انداز، برنامه‌های توسعه، نـقشه جامع علمی کشور و اسناد راهبردی وزارت نیرو؛
- راهبری و نظارت بر فرآیند تدوین و پیشنهاد برنامه‌ها و طرح‌های پژوهشی مورد نیاز صنعت برق کشور بر مبنای سند چشم‌انداز، برنامه‌های توسعه، نـقشه جامع علمی کشور و اسناد راهبردی وزارت نیرو؛
- تهیه و تدوین برنامه راهبردی حوزه معاونت پژوهشی پژوهشگاه در افق کوتاه‌مدت، میان‌مدت و بلندمدت و تلاش در جهت تحقق مفاد برنامه مذکور؛
- تبیین سیاست‌های پژوهشگاه نیرو در حوزه سیاست‌پژوهی و آینده‌نگاری علم و فنّاوری در صنعت برق و نظارت بر اجرایی شدن فرآیندهای مربوط به آن؛
- برنامه‌ریزی و سیاست‌گذاری به‌منظور ارتقاء و توسعه همکاری‌های علمی با صنعت برق کشور و نیز با دانشگاه‌ها و سایر مراکز علمی - پژوهشی ملی و بین‌المللی؛
- ارتباط و هماهنگی مستمر با واحدهای مرتبط در وزارت نیرو و وزارت علوم، تحقیقات و فنّاوری؛
- طراحی و استقرار پورتال پژوهشی و شبکه متخصصین صنعت برق کشور و نظام شناسایی و جذب استعدادها و توانمندی‌ها؛
- راهبری و نظارت مستمر گروه‌های پژوهشی پژوهشگاه به‌منظور تسریع گردش کار امور پژوهشی و برنامه‌ریزی به‌منظور ارتقاء کارایی آنها؛
- اداره و نظارت بر حسن اجرای کلیه امور پژوهشی، کتابخانه‌ها، بانک‌های اطلاعاتی و نشریات پژوهشگاه، مطابق با مصوبات، مقررات و آیین‌نامه‌های مربوط؛
- تشکیل و برگزاری منظم جلسات شورای پژوهشی به‌منظور رسیدگی به امور سیاست‌گذاری بخشی در پژوهشگاه و برنامه‌ریزی و پیشبرد وظایف مربوط.