امور حقوقی، قراردادها و رسیدگی به شکایات پژوهشگاه نیرو از نظر ساختار اداری، زير مجموعه دفتر ریاست پژوهشگاه بوده و در حال حاضر؛ از لحاظ تقسیم‌کاری که در این دفتر شده است، این دفتر دارای سه اداره به نام‌‌های اداره مناقصات، مزایده و قراردادها، اداره دعاوی، رسیدگی به شکایات و دبیرخانه هیأت تخلفات اداری و اداره استعلامات، مقررات و تملک اراضی می باشد که مهمترین فعالیت‌های درحال انجام در این دفتر به ترتیب عبارتند از: انجام کلیه خدمات حقوقی و پیگیری دعاوی، ارائه کلیه خدمات مربوط به انعقاد قراردادهای پژوهشگاه، برگزاری مناقصات و مزایده های پژوهشگاه، پاسخگوئی به کلیه شکایات، استعلامات و ارائه گزارش به مبادی قانونی می‌باشد.
از زمان تشکیل پژوهشگاه نیرو باتوجه به وسعت و گستره وظایف سازمانی این موسسه تحقیقاتی و پژوهشی همواره نیاز به رفع مشکلات و مسائل حقوقی و قراردادی این موسسه از طریق به کارگیری مشاوران و صاحب‌نظران حوزه حقوقی و قراردادی، مدنظر مدیران ارشد پژوهشگاه نیرو بوده و رفته رفته باتوجه به توسعه فعالیت‌ها و اهداف پژوهشگاه علاوه‌بر بکارگیری مشاوران حقوقی رفع نیازهای موجود از طریق ارجاع آن به دفاتر اداری، مالی و بازرگانی نیز صورت می پذیرفت که باتوجه به تغییر در مأموریت‌های پژوهشگاه و توسعه سازمانی این موسسه نیاز به یک دفتر تخصصی که پاسخگوی کلیه امور حقوقی، قراردادی و رسیدگی به شکایات پژوهشگاه را به عهده گیرد، دیده شد. لذا؛ باتوجه به اینکه قبل از این بخش عمده ای از این نیازها در دفتر قراردادهای پژوهشگاه رفع می شد با تصویب هیأت امنای پژوهشگاه نیرو در سال 1394 دفتر حقوقی قراردادها و رسیدگی به شکایات پژوهشگاه نیرو تشکیل گردید.